Tháng 3-1907, với danh nghĩa trường tư, Đông Kinh nghĩa thục đã được mở tại số 4 Hàng Đào, Hà Nội. Đây thực chất là một tổ chức cách mạng hoạt động bán công khai, gây ảnh hưởng sâu rộng trong cả nước, dù chỉ tồn tại có chín tháng.
Sự thức tỉnh của châu Á cùng với phong trào cách mạng tư sản dân chủ ở Đông Âu bắt đầu từ cách mạng Nga 1905, tạo thành một cao trào thức tỉnh của cả Phương Đông. Ở Việt Nam, đầu thế kỷ 20, sau thất bại của phong trào Cần Vương do các sĩ phu phong kiến yêu nước lãnh đạo, phong trào cách mạng đã mang một nội dung mới, kết hợp đấu tranh yêu nước với đấu tranh giành quyền dân chủ. Từ đó xuất hiện các phong trào mang mầu sắc mới như Đông Du (1904-1908), Duy Tân (1906-1908) và Đông kinh nghĩa thục (1907).

Mùa xuân Đinh Mùi (tháng 3-1907), Đông kinh nghĩa thục được thành lập tại Hà Nội, do sáng kiến của hai sĩ phu tiến bộ Lương Văn Can và Nguyễn Quyền. Lương Văn Can (1854-1927), người làng Nhị Khê (nay thuộc huyện Thường Tín, tỉnh Hà Tây), đậu cử nhân năm 21 tuổi, không ra làm việc với Pháp, ở nhà dạy học. Nguyễn Quyền (1869-1941) người làng Thượng Trì, huyện Thuận Thành (nay thuộc tỉnh Bắc Ninh), đậu Tú tài năm 22 tuổi, từng làm huấn đạo ở Lạng Sơn, sau về hoạt động cách mạng.

Đông kinh nghĩa thục với danh nghĩa một trường tư thục, đặt trụ sở tại số 4 Hàng Đào, được tổ chức theo một mô hình mới, khác hẳn những trường chữ nho cũ, cũng không giống các trường Pháp - Việt đương thời. Trường chủ trương dạy bằng chữ quốc ngữ là chính, kèm thêm chữ Hán, chữ Pháp. Chương trình học gồm nhiều môn: từ văn học, lịch sử, địa lý đến toán học, khoa học thường thức, có cả môn luân lý, cách trí và thể dục. Trường áp dụng một phương pháp giảng dạy mới, với nhiều hình thức sinh động: giảng sách, đọc báo, bình văn, diễn thuyết và những buổi ngoại khóa nói chuyện thời sự hoặc khoa học.

Lực lượng cộng tác viên và giảng viên của trường gồm hầu hết là những trí thức yêu nước tiến bộ đương thời, kể cả cổ học và tân học. Ngoài hai vị phụ trách chính là Lương Văn Can và Nguyễn Quyền, những sĩ phu có uy tín, còn nhiều nhân vật có tiếng tham gia, như chí sĩ yêu nước Phan Châu Trinh, các học giả và nhà văn Hoàng Tăng Bí, Đào Nguyên Phổ, Dương Bá Trạc, Nguyễn Bá Học, Phạm Duy Tốn...

Đông kinh nghĩa thục mang danh một trường học nhưng thực chất là một tổ chức cách mạng hoạt động bán công khai, tập hợp các lực lượng yêu nước, trở thành một trung tâm vận động văn hóa mang tính chất dân tộc, dân chủ. Thông qua nội dung giảng dạy và các hoạt động ngoại khóa, nhà trường đã tố cáo chính sách ngu dân thâm độc của thực dân Pháp, qua đó thức tỉnh tinh thần yêu nước, tự hào dân tộc của học viên, nhằm mục đích cuối cùng là đấu tranh giải phóng dân tộc, giành độc lập tự do cho đất nước. Cùng với nội dung giáo dục lòng yêu nước, nhà trường còn truyền bá tư tưởng cách tân nhằm mở mang dân trí, dân sinh, tiến tới làm cho nước mạnh dân giàu xã hội văn minh,tiến bộ.

Chỉ trong một thời gian ngắn, Đông kinh nghĩa thục đã gây được ảnh hưởng sâu rộng trong cả nước, học sinh có tới hàng ngàn. Ngoài trường chính ở Hà Nội, nhiều tỉnh lần lượt thành lập trường theo mô hình ấy và phần lớn lấy tài liệu giảng dạy ở trường Hà Nội. Nhà trường còn xuất bản sách, báo, in và phát hành những tài liệu bí mật và công khai để cổ động cách mạng.

Mới đầu bọn thống trị Pháp tưởng Đông kinh nghĩa thục chỉ là một tổ chức có tính chất cải lương. Sau thấy đó chính là một "cái lò phiến loạn" thật sự ở Bắc Kỳ, lập tức chúng thẳng tay đàn áp. Tháng 12-1907,chúng ra lệnh đóng cửa trường và lần lượt bắt giam những người chủ trì. Cử nhân Lương Văn Can, hiệu trưởng trường, bị đưa đi an trí 10 năm trên đất Cao Miên (Cam-pu-chia). Tú tài huấn đạo Nguyễn Quyền, nhân vật số hai, bị đày đi Côn Đảo, sau về an trí ở Bến Tre, rồi mất ở Sa Đéc. Một số sĩ phu khác cũng bị giam cầm hoặc giám sát, cấm hoạt động.

Phong trào Đông kinh nghĩa thục, một sự kiện nổi bật trong năm Mùi đầu thế kỷ 20, tuy không tồn tại được bao lâu (chỉ có chín tháng), nhưng đã ghi lại một nét son chói lọi trên trang sử cách mạng Việt Nam. Cùng với phong trào Đông Du của Phan Bội Châu, phong trào Duy Tân của Phan Châu Trinh, Trần Quý Cáp, Huỳnh Thúc Kháng, Đông kinh nghĩa thục đã đóng vai trò quan trọng trong việc động viên lòng yêu nước, đồng thời mở đầu cho công cuộc cách tân văn hoá nước nhà.